En Cuba la variante que predominó desde el inicio de la pandemia y durante todo el 2020 fue la conocida como D614G, variante que sustituyó al virus aislado al inicio de la epidemia en Wuhan y que desarrolló esta mutación, reemplazando a la variante original. A finales del año 2020 se detectaron otras a partir de la entrada de viajeros al país.
A inicios de 2021 se identificó la variante Alfa y en febrero la Beta, las cuales se han encontrado circulando en todas las provincias. Sin embargo, cada vez que aumentó la transmisión en algún territorio se detectó la presencia de la variante Beta y luego su prevalencia.
El incremento de casos observado durante el mes de febrero en La Habana y Jagüey Grande, Matanzas, estuvo asociado a la variante Beta, aunque también se identificaron otras. Durante los cuatro primeros meses de 2021 la Beta estuvo predominando en el territorio nacional. A finales de abril se detectó en un viajero la Delta y desde mayo y hasta el presente esta variante se ha extendido paulatinamente a la mayoría de las provincias, asociándose a mayores contagios.
En estos momentos, Delta se ha registrado en más de 140 países y en Cuba se ha evidenciado en todas las provincias del país, y prevalece en La Habana, Matanzas, Ciego de Ávila, Cienfuegos, Holguín y Guantánamo. Los estudios indican que predominará sobre la Beta y las restantes variantes detectadas.